Anthology incluiu várias alterações para os jogos, os mais notáveis sendo as aberturas e encerramentos em CGI. Além disso, Final Fantasy VI incluiu bônus, que consistia das seguintes características:
Teatro conematográfico
Artes conceituais
Bestiário
Guia do Dragon's Neck Colosseum
Lista de Esper
Lista das Lores de Strago
A maior parte dos recursos exigem que o jogador vença o jogo uma vez antes de vê-las, mas o Teatro Cinematográfico, Artes Conceituais e Bestiário podem ser acessado desde o início, embora apenas metade dos recursos do referido categorias podem ser acessados nesse ponto. Além disso, Squall Leonhart, ocasionalmente, faz uma aparição na tela título de Final Fantasy VI.
